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一步绘制好看的箱形图+显著性标记

发布时间:2023-09-26 01:49人气:

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本文作者:莫北

对于箱形图(Box plot,也称为box-and-whisker plot)中的上下两条线,有的人认为是最大值和最小值,也有人认为分别是Q3+1.5 IQR和Q1-1.5 IQR,这一点让我非常困惑。于是,我自己用R语言的基础绘图函数boxplot()和ggplot2验证了一下。

为了方便验证,我这里用到的数据是0~100,再加上一个离群值(outlier)152.6,共102个数。使用boxplot()函数进行作图(见上图),可以发现箱形图上的五条线分别对应四分位数中的5个分位点:

0%(最小值),

25%(第一四分位数,即Q1),

50%(第二四分位数,即Q2,也称作中位数),

75%(第三四分位数,即Q3),

100%(最大值)。

注意,这里的最小值和最大值都是剔除离群值后的结果。

四分位距(Inter Quartile Range,IQR)为Q3减去Q1的值,即矩形箱子的高度。而Q3+1.5 IQR和Q1-1.5 IQR是剔除离群值的标准。使用ggplot2也得到一样的结果,如下。

了解了箱形图的代表含义后,我这里再为大家分享一种轻松绘制好看的箱形图+显著性标记的方法,绘图效果如下:

工具链接:

●数据准备●

使用Excel整理数据,将不同样本(分组)的数据分别置于不同的列(宽数据),如下。

●参数设置●

打开两组检验箱线图(兼容多组文件)工具页面,点选择文件按钮,上传数据表格,统计检验方法这里选择wilcox.test(即Wilcoxon秩和检验),加上Y轴标题,其他参数保持默认,最后点提交按钮。

到我的任务页面可以查看任务运行状态,大约10秒左右刷新任务状态。任务完成后点下载按钮将绘图结果下载到自己的电脑上。

●分析结果●

分析结果文件夹中主要包括统计结果文件和图表文件,如这里的Wilcoxon.pvalue.xls文件为差异检验得到的pvalue值,拓展名为“.OS”的文件为提交的原始数据。而绘图结果同时给出位图(png)和矢量图(pdf)两种类型的图片。

具体的分析绘图结果如下,可以看出,3个分组之间两两都是差异显著的。

同时,结果中也给出了添加数据点后的箱型图,如下。

直出的图表已经很好看了,如果想对绘图结果做更多的个性化调整,可使用Ai(Adobe illustrator)等矢量图编辑软件对pdf格式的文件进行调整。比如我这里为箱型图添加填充色、调整了坐标轴标题到坐标轴的距离,并使用重新着色图稿按钮调整配色方案。

最终的效果如下:

好啦,本次的分享就到这里啦~

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